资源类型:
收录情况:
◇ 统计源期刊
◇ 北大核心
◇ CSCD-E
文章类型:
机构:
[1]四川省肿瘤医院研究所医务部,610041成都
行政后勤
医务部
四川省肿瘤医院
[2]成都医学院生物医学系,成都610500
出处:
ISSN:
关键词:
乳腺癌
外周血
生物信息学
分子对话
摘要:
目的 探讨乳腺癌上皮细胞与外周血之间的交互作用.方法 从GEO数据库中获取乳腺癌上皮细胞及外周血单个核细胞(PBMCs)表达谱.GEO2R在线分析工具筛选差异表达基因,利用UniProt和STRING数据库对差异表达基因蛋白产物进行亚细胞定位,筛选乳腺癌细胞分泌蛋白及与其相互作用的PBMCs膜蛋白.Cytoscape软件构建互作网络.使用DAVID在线工具基因功能注释和KEGG通路富集方法对互作分子进行分析.结果 共筛选到101对相互作用分子,基因功能主要涉及细胞黏附、细胞迁移、白细胞激活、免疫反应等生物学过程,参与的信号通路主要有细胞外基质-受体相互作用,细胞因子-细胞因子受体相互作用,趋化因子信号通路等.其中FN1、ITGBI、FLT1、COMP、CXCL 12为关键蛋白.结论 利用生物信息学方法,整合组学数据,能够有效获取信息,为乳腺癌的治疗及预后监测的研究开辟新思路.
基金:
国家自然科学基金(81201702);四川省卫计委科研项目(130295)
第一作者:
第一作者机构:
[1]四川省肿瘤医院研究所医务部,610041成都
通讯作者:
推荐引用方式(GB/T 7714):
魏娜,王丹,何浪.整合组学数据分析乳腺癌细胞与外周免疫系统的交互作用[J].肿瘤防治研究.2017,44(04):243-247.