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宫颈癌组织差异表达环状RNA筛选及通路分析

Screening of Differentially Expressed Circular RNAs in Cervical Cancer Tissue and Analysis of Their Pathways

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收录情况: ◇ 统计源期刊

机构: [1]四川省肿瘤医院·研究所四川省癌症防治中心电子科技大学医学院药学部 [2]四川省妇幼保健院实验医学中心
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关键词: circRNA miRNA 宫颈癌 通路 GEO数据库

摘要:
目的:筛选宫颈癌组织中差异表达的环状RNA(circular RNA,circRNA),并对其结合的微小RNA(microRNA,miRNA)及靶向的信使RNA(messenger RNA,mRNA)进行生物信息学分析。方法:从GEO数据库中检索并下载宫颈癌组织芯片数据,利用R 4.1软件进行差异分析,选择表达上调/下调最显著的各5个circRNA,通过circinteractome网站预测miRNA和3个生物信息学网站(miRDB、TargetScan、miRTarBase)联合预测靶mRNA,通过Metascape数据库对其进行功能富集分析。应用STRING在线工具预测mRNA的蛋白互作网络并获得关键mRNA,最后预测关键mRNA与患者预后的关系。结果:通过差异分析,发现宫颈癌组织中共有75个差异表达的circRNA,通过上调/下调最显著的共10个circRNA预测获得202个miRNA和5个预后相关mRNA(POLR2D、JUN、CTNNB1、H2AFZ、RBBP7),最后确定了8条circRNA-miRNA-mRNA调控路径可能参与宫颈癌的发生发展。结论:在宫颈癌组织中异常表达的circRNA及其相关通路将可能成为宫颈癌诊断和治疗的新靶点。

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第一作者:
第一作者机构: [1]四川省肿瘤医院·研究所四川省癌症防治中心电子科技大学医学院药学部
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