[目的]调查文献管理软件在期刊论文中的使用情况,分析文献管理软件处理后的输出结果.[方法]选取英文期刊Chinese Journal of Cancer以及中文期刊《中山大学学报(医学科学版)》和《实用医学杂志》论文,查看是否使用文献管理软件,并分析使用何种软件.对使用EndNote和NoteExpress的论文逐篇按照《中山大学学报(医学科学版)》的文献著录格式,人工核对软件输出结果,提取注意事项.[结果]从上述三种杂志中共收集244篇包含参考文献的已发表论文,其中使用文献管理软件的比例分别为50.0％,35.4％和14.7％.74篇论文使用了文献管理软件,占样本总数的比例为30.3％,其中43篇使用EndNote软件,25篇使用NoteExpress软件.使用两种软件的论文中,英文文献均远多于中文文献,使用EndNote处理的英文文献与中文文献的比例约为10∶1,而使用NoteExpress处理的英文文献与中文文献的比例为5∶1.未发现国内外作者使用文献管理软件的比例有明显不同.所有论文中的英文文献和中文文献经过软件处理后的输出结果基本符合文献的著录要求,尤其是EndNote输出英文文献的结果.但是,所有论文中的英文文献和中文文献经过软件处理后,输出结果仍然存在格式问题甚至内容错误.[结论]国内医学学术期刊论文中使用文献管理软件的比例偏低,使用文献管理软件的论文的英文文献比例较高.建议国内期刊在稿约时或在网站上增加相关说明条目,建议作者使用参考文献管理软件.虽然软件输出结果较为满意,但是编辑仍然需要再次全面核对把关.